ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月1回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代表:宮上 淨(監査兼任)
副代表:北脇 哲雄 安永 大輔
ゼネラルマネージャー:安永 大輔
運営部:部長 東口 信一
副部長 東口 知里
<中学部三年生>
マネージャ 東口 信一
東口 知里
広報カメラ 東口 知里
スコアラー 上田 尚子
長井 美紀
<中学部二年生>
マネージャ 岸本 めぐみ
広報カメラ 吉原 留美
田中 園美
スコアラー岸本 めぐみ
<中学部一年生>
マネージャ 浮田 浩司
スコアラー浮田 浩司
<小学部>
マネージャ 小南 学
スコアラー 柏木 亜理紗
会計部:部長 岸本 博文
中学部 飯田真季
小学部 小南千尋
指導部:部長 加藤 友樹(甲子園サイエンスラボ代表)
守田 智昭
西村 智哉
長井 朋彦
安永 快晴
伊原木 誠
中嶋 信介
南 賢司
森井 礼志
守田 匠吾
<小学部担当>
山下 徹
田中 雅也
山下 範洋