ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月１回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代 表：宮上 淨（監査兼任）
副 代 表 ：鷹尾 哲男
ゼネラルマネージャー ：安永 大輔（中学部監督兼任）
運 営 部 ：部長 北脇 哲雄
副部長 加藤 亜矢
中学部三年生担当
マネージャー 北脇 哲雄 加藤 亜矢
広報カメラ 東口 知里
スコアラー 岸本 めぐみ
中学部一年生担当
マネージャー 東口 信一
小学部
マネージャー 吉田 裕 永井 健一
広報カメラ 小泉亜希子
スコアラー 茶谷友佳子
土井 尚美
会 計 部：部長 東口 信一
中学部担当 東口 知里
小学部担当 松下 直子
指 導 部：部長 加藤 友樹（甲子園サイエンスラボ代表）
中学部監督 安永 大輔
中学部コーチ 三年生担当 南 賢司 中嶋 信介
一年生担当 伊原木 誠 西村 智哉 照沼 陽一
小中巡回コーチ 長井 朋彦 守田 智昭 大西 弘