ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月１回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代表：宮上 淨（監査兼任）
副代表：北脇 哲雄 安永 大輔
ゼネラルマネージャー：安永 大輔
運営部：部長 麻生久美子
＜中学部三年生＞
マネージャー 麻生 久美子
＜中学部二年生＞
マネージャー 有藤 麗子
＜中学部一年生＞
マネージャー
会計部：部長
中学部 古館梨沙
指導部：部長 加藤 友樹（甲子園サイエンスラボ代表）
守田 智昭 西村 智哉
長井 朋彦 守田 匠吾
安永 快晴 中林 浩二
