ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月１回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代表：宮上 淨（監査兼任）
副代表：北脇 哲雄 安永 大輔
ゼネラルマネージャー：安永 大輔
運営部：部長 東口 信一
副部長 東口 知里
＜中学部三年生＞
マネージャ 東口 信一
東口 知里
広報カメラ 東口 知里
スコアラー 上田 尚子
長井 美紀
＜中学部二年生＞
マネージャ 岸本 めぐみ
広報カメラ 吉原 留美
田中 園美
スコアラー岸本 めぐみ
＜中学部一年生＞
マネージャ 浮田 浩司
スコアラー浮田 浩司
＜小学部＞
マネージャ 小南 学
スコアラー 柏木 亜理紗
会計部：部長 岸本 博文
中学部 飯田真季
小学部 小南千尋
指導部：部長 加藤 友樹（甲子園サイエンスラボ代表）
守田 智昭
西村 智哉
長井 朋彦
安永 快晴
伊原木 誠
中嶋 信介
南 賢司
森井 礼志
守田 匠吾
＜小学部担当＞
山下 徹
田中 雅也
山下 範洋
