ヤング神戸三田イーグルスは代表・副代表・GM及び運営部・会計部・指導部の組織構成で、小学部と中学部を一体運営しています。チーム会計状況及び運営・指導方針等は月１回の運営部・指導部・会計部ミーティングで意思決定されています。組織構成は下記の通りです。
代 表 ：宮上 淨
副 代 表 ：鷹尾 哲男 三川 洋司
ゼネラルマネージャー ：安永 大輔（中学部監督兼任）
運 営 部 ：リーダー西馬 一平
上原 明子 北脇 哲雄 上野 美幸 藤木 一宏 吉田 裕
会 計 部：リーダー照沼 洋一
三川 洋司 照沼 美紀
トレーナー ：甲子園サイエンスラボ 加藤 友樹 宮崎 耕平
管理栄養士 ：黒木 真知子
指 導 部：中学部監督 安永 大輔
中学部コーチ 大西 弘 中嶋 信介 照沼 陽一 伊原木 誠 藤原 和之 南 賢司
指 導 部：中学部監督 安永 大輔
中学部コーチ 大西 弘 中嶋 信介 照沼 陽一 伊原木 誠 藤原 和之 南 賢司
小学部監督 柴尾 猛
小学部コーチ 長井 朋彦 田中 雅也
道 具 購 入 ：コスモスポーツ